カスタムソケットは、コネクタとして様々な機器や部品を接続するためのソケットです。基本的にオリジナルソケットは通常の規格に合わない接続を行うソケットであり、個人が独自に作り上げたインターフェース仕様になっています。一方、コネクタであるカスタムソケットの目的はその場その場で適した接続を行うことです。例えていえば一点もののソケットと言えます。
そのためカスタムソケットは、特別なその時だけの用途に利用されることが多いです。共通のインターフェースのない様々な機器類を接続するために、使うこともあります。次に多いのが、検査を行うために利用するソケットとしての使用法です。しかし無理矢理、コネクタにカスタムソケットを使うと様々な問題が出てきます。
十分に検討した上で、注意をしてこのソケットで良いとわかったら使うべきです。コネクタとして使うソケットが異なっていたために、システムの動作全体にエラーが出ることもあります。システムに大きな影響が出て、動作の修復不可能になるケースもありますので細心の注意が必要です。つまりカスタムソケットは汎用性があるので非常に便利なコネクタですが、同時にいろいろなリスクも負っています。
その点、オリジナルソケットであればその使用時に特に心配はありませんので、どちらか迷ったらオリジナルソケットを使うと良いでしょう。カスタムはあくまでも非常時に使うようにすれば、動作全体に問題はありません。